La contaminazione chimica degli alimenti è causata da sostanze non consentite presenti nei prodotti primari in quanto utilizzati per la loro trasformazione industriale(fitofarmaci, fertilizzanti, sostanze utilizzate per la conservazione delle derrate alimentari etc.).
La produzione degli alimenti è estremamente complessa. I prodotti di origine animale e vegetale presentano rischi intrinseci dovuti alla contaminazione microbiologia e chimica.