Le nicchie midollari sono dei siti ricettivi stremali che guidano la differenziazione delle cellule staminali verso linee specifiche. Nelle nicchie delimitate dalle trabecole della spongiosa si annidano i progenitori emopoietici in un microambiente costituito da: sinusoidi delimitati da cellule endoteliali prive della membrana basale; cellule reticolari che con il loro corpo cellulare e i loro prolungamenti avvolgono parzialmente le cellule endoteliali facendo loro da supporto; adipociti parasinusoidali; un´impalcatura di sostegno formata da fibre reticolari e dai prolungamenti delle cellule reticolari; una matrice extracellulare formata da collagene, proteine di adesione (fibronectina, laminina) e proteoglicani. Lo studio di sezioni istologiche mostra una distribuzione topografica precisa dei progenitori delle cellule ematiche.
Tra le due possibili vie di infusione (attraverso il cordone ombelicale oppure direttamente nel peritoneo) si preferisce la seconda che permette un rilascio più lento delle cellule staminali e quindi l´occupazione di un maggior numero di nicchie midollari, mentre la prima può essere causa anche di morte per il feto attraverso il rilascio brusco di potassio o il sequestro delle cellule trasfuse nel fegato del feto.